يكي از دانشمندان مشهور كه بهاء الله از او در كتاب اقدس نام برده و او را مذمت نموده، علامه شيخ محمد حسين نجفي نويسنده دائرة المعارف عظيم “جواهرالكلام فى شرح شرايع الاسلام” و معروف به صاحب جواهر است كه دائره المعارف فقهى او در پنجاه جلد و حدود بيست هزار صفحه ، عظيم ترين كتاب فقهى مسلمين شده و ثمره سي سال جهاد علمى اوست كه هر سطرش حاوى مطالب علمى است و به نظر كارشناسان ، نشان نبوغ، همت، استقامت، عشق ،ايمان و تلاش پژوهشي او به شمار است. علامه صاحب جواهر از نوابغی است که قرن سیزدهم هجری نظیر او را کمتر داشته و دانشنامه اش بهترین نشان و علامت نبوغ و کمال، و مستندترین دلیل فرزانگى اوست.در قرن نامبرده، ریاست و مرجعيت شئون عمومی شيعه به او منتهی گردید و او شایستگی کامل اداره این امر را داشت و با آنکه در آن قرن علما و فقهای بزرگ دیگری نیز می زیستند، ولی با توجه به عظمت و والایی مقام شیخ، کسی در مقام معارضه یا رقابت با او برنخاست.از آن تاريخ تا كنون هیچ فقیهی خود را براي استنباط احكام ،از دانشنامه بزرگ جواهر بی نیاز نمی داند و اين كتاب،مكرر چاپ شده است.صاحب جواهر شاگرد کاشف الغطا و شاگرد او سید جواد صاحب مفتاح الکرامه است و خود در نجف حوزه عظیمی داشته و شاگردان زیادی تربیت کرده است.او در زمان خود مرجعيت عامه یافت و در سال ۱۲۶۶ که اوایل جلوس ناصرالدين شاه در ایران بود، درگذشت.
جناب بهاء الله در اقدس ، اين فقيه نامدار و جاودان شيعه و زعيم حوزه هاي علميه و نابغه علم و فقاهت را به جرم اينكه مذهب باب را نپذيرفته تحقير نموده و با اسم كوچك نام برده و با يك گندم و جو پاك كن به نام ملامحمدجعفر مقايسه نموده كه به باب ايمان آورده اما او ايمان نياورده است و گفته حرفى از حرف هاي باب براي او سودمندتر بود از همه تلاش شبانه روزي اش براي نوشتن احكام فقهى و تقصير همه گرفتاري هائى كه براي بابيان اتفاق افتاده را عدم ايمان آوردن او و امثال او به علي محمد باب شمرده و او را به اين خاطر مذمت نموده است.عبارت اقدس چنين است:”اذکروا الشيخ الّذی سمی بمحمد قبل حسن و کان من اعلم العلمآء فی عصره لما ظهر الحق اعرض عنه هو و امثاله و اقبل الی الله من ينقی القمح و الشعير * و کان يکتب علی زعمه احکام الله فی اللّيل والنهار و لما اتی المختار ما نفعه حرف منها لو نفعه لم يعرض عن وجه به انارت وجوه المقربين * لو امنتم بالله حين ظهوره ما اعرض عنه الناس و ما ورد علينا ما ترونه اليوم اتقوالله ولاتکونن من الغافلين”. يعنى ياد كنيد شيخى را كه محمد حسن ناميده شد و او از اعلم علماي زمانش بود اما چون حق(باب)،ظاهر شد او و امثال او اعراض نموده در حاليكه گندم و جو پاك كن ايمان آورد! و او به زعم خود شب و روز احكام الاهى را مى نوشت اما حرفى از آنها وقتى باب آمد به او سود نرساند؛ اگر سود مى رساند از چهره اى كه از آن روىِ مقربان نورانى شد،اعراض نمى نمود”…
فرد ديگرى از علما كه او در اقدس نام برده عالمى از بزرگان شيخيه به نام حاج كريم خان كرمانى است.او كه از همدرسان باب در مجالس درس سيدكاظم رشتى بود و او را از نزديك مى شناخت ،بي پايگى ادعاهاي باب را با نقد علمى در كتابي به نام ارشادالعوام براي مردم روشنگرى نمود و لذا مورد غضب جناب بهاء الله قرار گرفت و در كتاب اقدس به زشتى از او ياد شده است.عبارت اقدس چنين است:”اذکروا الکريم اذ دعوناه الی الله انه استکبر بما اتبع هواه بعد اذ ارسلنا اليه ما قرت به عين البرهان فی الامکان و تمت حجة الله علی من فی السموات و الارضين انا امرناه بالاقبال فضلا ً من الغنی المتعال انه ولّی مدبراً الی ان اخذته زبانية العذاب عدلا ًمن الله انا کنا شاهدين “؛
يعنى ياد كنيد كريم را(منظور حاج كريم خان كرمانى است) وقتى كه ما او را به خدا دعوت كرديم او به خاطر پيروي از هواي نفسش استكبار نمود،ما هم برايش نامه اى فرستاديم كه چشم برهان در جهان از آن روشن مى شد اما اعتنا ننمود و پشت كرد تا اينكه شعله عذاب او را فراگرفت كه عدلي از جانب خدا بود و ما شاهد عذاب او بوديم”…
اين شيوه برخورد اهانت آميز با عالمان دگر انديش،در پيشينه جناب بهاء الله سابقه داشته آنجا كه لوحى براي آقا نجفي عالم بزرگ اصفهان صادر نمود و او را بچه گرگ ناميد؛ اين لوح كه اكنون جزو آثار بهاء الله است،لوح ابن الذئب نام دارد،همچنين در باب اول كتاب ايقان نيز او با علما و دانشمندان ستيز داشته و به مردم توصيه كرده اگر مى خواهيد به حقيقت برسيد به حرف دانشمندان عصر توجه نكنيد و هرچه مظهر ظهور(يعنى باب)مى گويد،بدون چون و چرا بپذيريد. ضمن آنكه اگر مى توانستند،اين علما و دانشمندان كه حربه اى جز علم و دانش نداشتند،را ترور مى كردند تا مخالفى سر راهشان نباشد؛مانند آنكه عالم بزرگ قزوين يعنى شيخ محمدتقي برقانى معروف به شهيدثالث را سحرگاه در محراب مسجدش به جرم مخالفت علمى با افكار بابيان به شهادت رساندند.وقتى مردم به علما و متخصصان مراجعه نكنند بدون تحقيق علمى مثل محمد جعفر آن گندم و جو پاك كن اصفهانى كه در اقدس به آن اشاره شده به آئين جديد ايمان مى آورند و در اين كتاب ستوده مى شوند…