ترکان سلجوقی در سال ۴۴۷ق با استفاده از ضعف آل بویه – که شیعه مذهب بودند – به بغداد حمله کردند و با اشغال آن، حکومت آل بویه را برانداختند.با انقرض آل بویه بر آزار و اذیت شیعیان توسط اهل سنت و سلجوقیان افزوده شد.در این زمان عبد الملک وزیر طغرل بیک، به محله‌های شیعه نشین حمله کرد و به کشتار آنان پرداخت.در همين سال ها كه خواجه نظام الملك وزير آنها در تدارك ساختن مدارس علميه نظاميه با بودجه كلان دولتى براي ترويج مبانى اهل سنت بود، به خانه شیخ طوسى عالم برجسته شيعه كه مجلس درس خود را در بغداد برگزار مى كرد، حمله کردند تا وی را به قتل برسانند، ولی او را نیافتند و وسایل منزل و کتاب های او را به آتش کشیدند و نابود ساختند. گفته‌اند طغرل بیک چندین بار کتاب‌های شیخ طوسی را در ملأ عام سوزاند. پس از این حادثه ، شیخ از بغداد خارج شد و به نجف رفت و حوزه علمیه نجف را در سخت ترين شرايط تأسیس کرد…
پس از هجرت شیخ طوسی در سال ٤٤٨ق از بغداد به نجف، وی حوزه علمیه را بنا نهاد. اگرچه پیش از آمدن شیخ، در نجف حلقه‌های بحث و درس در جوار مرقد امیرمؤمنان(ع) علیه‌السلام برقرار بوده و حوزه علمیه شکل گرفته بوده و بنابه گزارش ابن طاووس١، به هنگام دیدار عضدالدوله دیلمی از نجف در سال ۳۷۱ق، ۱۷۰۰ فقیه در این شهر بوده و با حضور شخصيت هاى علمى چون ابن خُمرى كوفى و هبة الله بن احمد کاتب، مشهور به ابن برنِیة و ابوالحسین اسحاق بن حسن عقرائی تمار که کتاب کلینی را از خود وی روایت می‌کرده و حضور شخصیت‌های دینی و علمی دیگر در نجف، همچون شیخ صدوق و شنیدن حدیث از محمد بن علی بن فضل دهقان و نیز اقامت برخی نقبای شیعیان همانند ابن سدره، و اسکان تعدادی از خاندان‌های اهل علم، مثل آل طحّان، در نجف، در زمره مستندات وجود حرکت علمی در نجف، پیش از شیخ الطائفه طوسی، ذکر شده است٢.
اما حوزه علمیه نجف پس از ورود شیخ طوسی و با حضور او (۴۴۸ـ۴۶۰ق) تثبيت شد.او که از شاگردان شیخ مفید و سید مرتضی علم الهدی بود، پس از فوت علم الهدی ریاست علمی شیعیان بغداد را برعهده گرفت. اندکی پس از ورود طغرل سلجوقی به بغداد، خانه و کتابخانه او را در حالی که خودش قبلا به نجف مهاجرت کرده بود آتش زدند. مدتی بعد، شیخ فعالیت علمی خود را در این شهر آغاز کرد و حوزه نجف با تلاش‌های او پاگرفت. شیخ توانست اوضاع تحصیلی نجف را نظم بیشتر داده و حلقه های درسی را تشكيل و سامان دهد. عده‌ای اندک از کسانی که همراه شیخ از بغداد به نجف رفته یا شهرتش را شنیده بودند، به او پیوستند. کتاب امالی یا المجالس شیخ گواهِ انضباطی است که او در حوزه نو تأسیس نجف در انتقال علوم به شاگردانش برقرار کرده بود. طوسی همچنین علما و شاگردان را به فقه استدلالی و اجتهادی جهت داد.گفته شده که شيخ در آنجا ۳۰۰ مجتهد تربیت کرد و کتاب هاي متعددي به نگارش آورد.
ابتکارات شگرف شيخ طوسى -كه به حق شيخ الطائفه نام گرفت-در حوزه اصول، فقه و دفاعش از فقه تفریعی در حوزه شریعت و توفیقش در ترویج و تحکیم روش‌های استدلال و استنباط آرا و نظریات وی تا مدت ها به دلیل عظمت شخصیت او در مجامع علمی شیعه بدون معارض و نقدناپذیر رواج یافت و پیروانش بیش از یک قرن درصدد خرده‌گیری و نقد و بررسی نظریاتش برنیامدند. به تعبیر شهید ثانی و صاحب معالم، ابن شهید ثانی همه فقها تنها ناقل گفته‌های او بودند. اين حوزه بدون هيچ وابستگى به دولت ها -حتى با مخالفت يا سنگ اندازى آنها- توانست كيان علمى را حفظ و توسعه دهد بعضى از تربيت يافتگان حوزه شيخ در اين دوره عبارت است از: ابوعلی طوسی، فرزند شیخ طوسی، (متوفی ۵۱۵)-كه نزد علماي شيعه با عنوان مفيدثانى شهرت دارد-با اثری چون المرشد الی سبیل المتعبد و الامالی؛.ابن شهرآشوب مازندرانی، ابوعلی فضل بن حسن طبرِسی مؤلف مجمع البیان و ابوعبدالله حسین بن احمدبن طحّال مقدادی ؛شیخ ابوالوفاء عبدالجبار رازی، شیخ ابومحمدحسن بن بابویه قمی و شیخ ابوعبدالله محمدبن هبةالله طرابلسی و بسيارى از علما و فقهائى كه از اين حوزه دانش آموخته بودند٣…
————–
١.ابن طاووس،فرحة الغرى/١٣٢-١٣٣. ٢. ر.ك:حسن طارمی راد، تاریخ فقه و فقها، ج ۲؛ محمد غروی، الحوزة العلمیة فی النجف الاشرف؛محمد بحرالعلوم، الجامعة العلمیة فی النجف عبر ایامها الطویلة»، مجله الموسم، ش ۱۸ (۱۴۱۴)؛ الدراسة و تاریخها فی النجف”،موسوعة العتبات المقدسة، تألیف جعفر خلیلی، ج ۷، جزء۲ و ابن شهراشوب،معالم العلماء؛شبيرى،رجال نجاشى و…. ٣.همان.